Mikroorganizmalar gıdalarda olumlu veya olumsuz pek çok değişime neden olurlar. Bitkisel ya da hayvansal kökenli gıdalar mikroorganizmalar için doğal bir floraya sahiptir. Bazı mikroorganizmalar gıdaların oluşumuna yardım ederken, bazı mikroorganizmalar da gıdaların bozulmasına sebep olabilirler. Hijyen kuralları ile Gıdaların bozulmasına sebep olan mikroorganizmalar en aza indirilmek için çalışılır. Gıda analizleri ilede bu süreç denetim ve kontrol altında tutulur.
Son zamanlarda hazır sektörü gelişmeye başlamış, ev dışı tüketim artmıştır. Sektörde hazır ürün ile hammaddenin aynı tezgah, aynı kesme aleti, aynı tahta üzerinde işlenmesi ile mikroorganizmaların birbirine bulaşma riskini arttırmaktadır. Tabi tüm bu süreci yerine getiren personellerin kişisel hijyen kurallarına da dikkat etmeleri gerekmektedir. Personel ellerinden, bıçak, kaplar gibi ekipmanlardan bulaşma sık karşılaşılan bir durumdur. Eğer ilgili kontaminasyon noktaları temizlenmeden, çiğ gıdanın florası tüketime hazır gıdaya bulaştırılır ise son ürün mikroorganizmalar için mükemmel bir gelişme ortamı halini alır. Bu sebepledir ki çiğ gıda işlemesinde kullanılan ekipmanların ayrımı iyi yapılmalıdır. Uygulama sırasında farklı renkte ekipman kulanılması bu sürecin iyi yönetilmesini sağlayacaktır. Ayrıca gıdalar yıkanabilir, toksik olmayan kaplarda, ağzı kapalı olarak muhafaza edilmelidir. Tüm bu süreçte Gıdaların hijyen durumları gıda analizi ile tebit edilerek gerekli kural ve uygulamada önlem alınması sağlanır.